Sôsuke a 5 ans et trouve un poisson rouge magique qu’il décide  de nommer Ponyo. Peu après, Ponyo, métamorphosée en petite fille, veut à tout prix le revoir : pour cela elle va devoir échapper à l’emprise d’un sorcier vivant sous l’eau, au risque de provoquer une catastrophe naturelle.